此外还有部分二次葬墓，有单人二次葬墓和多人二次墓葬。如第7号墓为多人二次葬墓，内葬3人，三堆人骨各置一角，并有规律的成束东西顺放，并在人骨上各置有玉璧或玉镯。
二号冢位于祭坛西侧，相距2米，近正方形，方向正南北。与一号冢并行排列，东距一号冢仅3.3米。该冢第一层石砌台阶的东西边保存较好，分别长18.7米和15.8米。北界只保存东段，长17.5米，砌石台阶高度依山坡由北向南的斜度为一层到四层不等，南侧最高处为0.89米。冢的正中部位置一座石椁石棺中心大墓。此大墓以南还有规模较小的墓。大墓南侧发现的石棺墓共3座。其中一座有土圹，墓壁一侧起两层台阶，石棺较小，随葬玉镯1件，其中两座均为无随葬品的一般墓。
四号冢，位于祭坛东侧，平面呈前方后圆形，南北长36米，东西宽20米，内有多冢。此冢分为上层积石冢和下层积石冢。上层积石冢位置偏于冢的北半部。冢界为东西两冢相套的形状。东侧一冢为圆形，起三层台阶，西侧一冢则多变化。东西两冢界在中部相交，西侧冢界压叠于东侧冢界，冢内未发现中心大墓和较大型墓，只在顶部发现以碎石垒砌的小墓。
下层积石冢位于冢的南部。冢界以内遍铺碎石，其间分布有墓葬，墓内有南北方向的土坑，墓外有砌石和堆石，最外排列一圈无底筒形陶器。土坑墓穴内有以立置的石板为墓壁，随葬品有玉器或陶器，数量甚少。
五号冢，位于四号冢东北一侧，相距约0.5米。此冢南北长1.5米，东西宽10米，中部砌出一东西向石墙，将冢分为南北两部分，使整个冢呈“日”字形。在冢的南半部发现了人骨，但尚未发现有明确的墓葬。
六号冢位于祭坛北侧，因早期被干扰，只发现一座小墓，无随葬品。
第三地点位于牛河梁第四道梁的山岗上，与第二地点相距200米，海拔高度为641.3米。只一冢，平面圆形，直径17米，周围砌石多已不存。冢的中心部位置一土圹石棺墓，东西长2.9米，南北宽1.35～1.85米。其他墓排列在冢的南侧，共8座。围绕冢界有一道环壕。环壕现存2米左右，深度在1米左右，直径为18米，沟全部凿入风化基岩，沟底有散落的积石冢石块，泥质红陶筒形器片等。出土玉器的墓为3号墓、9号墓和中心墓。
第五地点与第三地点同处一座山梁上，在第三地点以西882米，海拔高度618.4米。有东西两冢，冢间有一石砌方坛。冢界外发现了围绕冢体的环壕残段，直径达38米。已发掘的东侧一冢总范围直径20米以上，有三层圆形石阶，最内一层积石层层叠起。该冢中心部位置一座大墓。
第十六地点位于牛河梁遗址最西端的西山梁南部的梁顶， 即“凌源市三官甸子城子山遗址”，海拔高度为556米，积石冢被一夏家店下层文化城堡所叠压，冢的上部多被扰乱。该冢中心部位置一大墓。其他墓分布于中心大墓的南部。
牛河梁积石冢内设有中心大墓。这是红山文化积石冢最重要的特点之一。目前已发掘的牛河梁遗址第二地点、第三地点、第五地点和第十六地点都有中心大墓。中心大墓位于冢的中央部位，有宽而深的墓穴。有的墓穴为达到一定深度而不惜开凿风化基岩，有的并起台阶。有大型石棺，以多层石板平砌，石棺内壁平齐。有随葬玉器，玉器数量多、种类全、选料精、工艺讲究。
牛河梁第二地点中心大墓，位于第二号冢内的正中部位，有土圹，深不过1米，内筑大型石棺，长2.21米，宽0.85米，墓壁为石板平铺。石棺以上并砌石台阶。石台阶从四壁筑起，共3层。第三层石台阶已高出墓口和地面，高出地面的砌石部分做出一石椁式方台。方台每边长3.6米，高出墓口0.65米。可惜此墓早期被严重扰动，未见完整人骨和任何随葬品。
牛河粱第三地点中心大墓，位于冢的中心部位，是一土圹石棺墓，东西长2.9米，南北宽1.35～1.85米，深0.9米。石棺以石块平砌，长1.8米，宽1.5米，墓底未铺石。内葬单人，仰身直肢，男性，头向西北。随葬玉器3件：头下枕一马蹄状玉器，胸部置一玉琮形器，右腕戴一玉镯。
牛河梁第五地点中心大墓，位于东侧第1号冢的中心部位偏西一侧，方向119°，有大型土圹，墓口长3.8米，宽3.1米，深 2.25米，墓穴大部分已凿入风化基岩。墓壁起台阶，南北两侧起三层台阶，东西两侧起两层台阶。有大型石棺， 以长条形石板平砌，每边约6—7层，前后挡板并以整块石板立砌。棺内壁长1.98米，宽0.55米，无底板，有顶盖，为大块石板叠搭而成，盖板以上并有封石。单人仰身直肢葬，为老年男性，头向东。随葬玉器7件，勾云形玉佩、箍形玉、玉镯各1件，玉璧和玉龟各一对。勾云形玉佩置于右胸部，为竖直，背面朝上，下压一箍形玉，右腕上套一玉镯，头部两侧各置一大型玉璧，两手各握一玉龟。
牛河梁第十六地点中心大墓，位于冢的中心部位。凿山为石穴，长3.9米，宽3.1米，深近5米。三面竖直而下，一面有斜坡。有大型石棺，以长条石板砌成。每边约10多层，棺内壁长约 2米，宽约1米，有顶盖，为大块石板叠搭而成，盖板中央部位有一用小石板砌的竖井，高约1米。盖板上封土积石，最上层用风化基岩覆盖。不仔细观察难以发现。单人直肢葬，随葬玉器6件。头下枕一板状玉凤，左胯下一玉人，右腕套一玉镯，胸部置一玉箍，绿松石坠一副2件。这是牛河梁已知规模最大，营造最难，结构最独特的大型墓葬。
牛河梁积石冢的中心大墓具有唯一性，即有冢群的山冈上，不管有几个冢，只有一个冢设置中心大墓。如牛河梁第二号地点共5个冢，但只在第二号冢设有中心墓。第五号地点有东、西两个冢，也只在第一号冢内设中心大墓，这样看来，在有冢群的山冈上，冢与冢之间也有主次之分，设置中心大墓的冢应是主冢。
牛河梁积石冢墓上封土积石形成土石状丘顶。一般情况是墓地的主体部分埋葬完结后，即在墓上封土，土上积石，从而形成地上建筑，冢顶积石以石块堆砌。冢的周边选用边缘加工的平齐石料砌筑石墙。石墙采用“错缝法”砌筑，一般起三层，上口平齐。如果是坡地则就坡而筑，石墙层数也有差别，但都保持上口平齐。积石冢形状基本为方形、圆形两类。
牛河梁积石冢上竖置成排无底筒形陶器。这种筒形陶器都为泥质红陶，壁厚，多在口下饰弦纹，腹部绘黑彩，也有半面彩绘的做法。它的最大特点是皆无底部。规格较大，一般为成排地竖置于冢的石砌台阶外侧。
牛河梁积石冢唯玉为葬。积石冢内的墓葬随葬品，陶器甚少，多数为玉器。目前在已发掘的属于上层积石冢的54座墓中，有随葬品的墓27座，其中有玉器随葬的墓26座，占有随葬品墓95％以上，而且中心大墓和其他较大型墓都只葬玉器，表明只葬玉器已是牛河梁积石冢埋葬的一种特定制度。
